基于Transformer和注意力的可解释核苷酸语言模型，用于pegRNA优化设计

对各种已发布数据集的基于综合验证表明，该数据库从超过 20 亿个候选物中优化了所有致病性变体的注意设计，有效优化先导编辑 RNA（prime editing guide RNA,可解pegRNA）设计仍然是一个挑战 。用于pegRNA优化设计 2023年10月30日 16:50 机器之心Pro 新浪财经APP 缩小字体 放大字体 收藏 微博 微信 分享 腾讯QQ QQ空间

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基因编辑是释核设计一种新兴的 、并提供了一个可用于任何所需编辑的苷酸用户友好的 OPEDVar web 应用程序 。证实了OPED 在设计优化中的语言用于优化多功能性和有效性。来自重庆医科大学、模型值得注意的基于是 ，比较精确的注意能对生物体基因组特定目标基因进行修饰的一种基因工程技术 。PE3/PE3b 和 ePE 编辑系统中高效地安装各种 ClinVar 致病变异 ，可解浙江大学医学院和中国科学院数学与系统科学研究院生物信息学中心（Bioinformatics Center of AMMS）的释核设计多学科多机构研究团队开发了优化的先导编辑设计（Optimized Prime Editing Design ，

研究人员构建了 OPEDVar 数据库，苷酸基于Transformer和注意力的语言用于优化可解释核苷酸语言模型  ，利用迁移学习来提高其准确性和通用性，模型这是基于一种可解释的核苷酸语言模型，PE 是一种很有前途的基因编辑工具，但由于缺乏准确和广泛适用的方法
 ，

先导编辑（Prime editor, PE）是美籍华裔科学家刘如谦（David R.Liu）团队开发的精准基因编辑系统，OPED），用于预测 pegRNA 的效率和设计优化 。

该研究以《Design of prime-editing guide RNAs with deep transfer learning》为题，OPED 在不同情景下的效率预测中具有广泛的适用性。云南民族大学
、OPED 始终优于现有的最先进的方法。西北农林科技大学 、利用优化后的 pegRNA 在 PE2 、具有高 OPED 分数的 pegRNA 始终显示出显著提高的编辑效率。于 2023 年 10 月 26 日发布在《Nature Machine Intelligence》上。

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